但20年前，拉科鲁尼亚是西甲联赛冠军，也是一支擅长在欧冠联赛中击败豪门的强队。
1999-2000赛季，西甲联赛一片混乱，皇家马德里仅位列积分榜第五位，马德里竞技则遭遇降级，而成立94年的拉科鲁尼亚足球俱乐部正是在这个赛季历史上首次夺得西甲联赛冠军。
1999-2000赛季西甲联赛积分榜前五名的球队分别是：
冠军：拉科鲁尼亚，38轮比赛过后，拉科鲁尼亚输掉11场，战绩为21胜6平11负，积69分。
第2名：巴塞罗那。38轮比赛过后，巴塞罗那输掉了12场比赛，战绩为19胜7平12负，积64分。
第3名：瓦伦西亚，战绩18胜10平10负，积64分。
第4名：萨拉戈萨。38轮比赛过后，萨拉戈萨只输了7场，但平局多达15场，战绩为16胜15平7负，积63分。
第5名：皇家马德里。38轮比赛过后，皇家马德里8负14平，战绩为16胜14平8负，积62分。
荷兰前锋马凯于1999年夏天加盟拉科鲁尼亚，1999-2000赛季在西甲联赛中出场36次，打进22球，是拉科鲁尼亚最终夺得西甲冠军的绝对功臣。在荷兰国家队，由于博格坎普、克鲁伊维特、范尼斯特鲁伊等超级前锋的存在，马凯无法成为国家队的主力球员。但在拉科鲁尼亚队，马凯却彻底爆发了。
从1999-2000赛季到2003-04赛季，这五个赛季里，拉科鲁尼亚从未跌出西甲三甲，并开始在欧冠赛场上崭露头角。这段时期是拉科鲁尼亚最辉煌的时期：
1999-2000赛季西甲联赛冠军
2000-01赛季：西甲联赛第二名、欧冠联赛四分之一决赛
2001-02赛季：西甲联赛第2名、欧冠联赛第8名
2002-03赛季西甲联赛第3名，进入欧冠联赛第二小组赛（相当于欧冠16强）
2003-04赛季西甲联赛第三名、欧冠联赛第四名
随着马德里竞技在1999-2000赛季西甲联赛结束后降级，西班牙中场球员贝莱隆从马德里竞技转会至拉科鲁尼亚。同样在2000年夏天，前锋特里斯坦加盟拉科鲁尼亚。当时，拉科鲁尼亚主帅伊鲁埃塔习惯在首发阵容中安排两名防守型中场和一名攻击型中场。贝莱隆的到来让拉科鲁尼亚有了新的中场核心，加上马凯和特里斯坦两名头号射手，拉科鲁尼亚的锋线更加锋利。锋线上，乌拉圭前锋潘迪亚尼也屡屡有惊艳表现。
巅峰赛季，拉科鲁尼亚在伊鲁雷塔的带领下，成为欧冠赛场上的豪门杀手。
2001-02 欧洲冠军联赛
欧冠第一轮小组赛，拉科鲁尼亚主客场双双战胜曼联，曼联拥有范尼斯特鲁伊、吉格斯、贝克汉姆等球星，最终拉科鲁尼亚战胜曼联，以小组头名身份晋级第二轮小组赛。
首回合比赛，拉科鲁尼亚主场2-1战胜曼联，斯科尔斯为曼联首开纪录，潘迪亚尼在第86分钟为拉科鲁尼亚扳平比分，摩洛哥中后卫纳贝特在第90分钟为曼联攻入致胜一球。
次回合，曼联主场2-3不敌拉科鲁尼亚。范尼斯特鲁伊梅开二度，西班牙中场塞尔吉奥打进一球，特里斯坦梅开二度。曼联门将巴特兹本场比赛出现两次低级失误。
在随后的欧冠小组赛第二阶段比赛中，拉科和勒沃库森最终晋级四分之一决赛，分别击败同组的阿森纳和尤文图斯。
拉科鲁尼亚在主客场双双战胜阿森纳，当时阿森纳拥有亨利、博格坎普、维埃拉、永贝里、皮雷等球星。
首回合比赛，拉科鲁尼亚主场2-0战胜阿森纳，马凯和特里斯坦各进一球。
次回合比赛，拉科鲁尼亚客场2-0战胜阿森纳，贝莱隆和中后卫纳贝特各进一球。
主客场两场对阵尤文图斯的比赛，拉科鲁尼亚1胜1平保持不败。
首回合比赛，拉科鲁尼亚客场0-0战平尤文图斯；次回合比赛，拉科鲁尼亚主场2-0战胜尤文图斯，特里斯坦和德贾米尼亚各进一球。
2002-03 欧洲冠军联赛
欧冠联赛第一阶段小组赛，拉科鲁尼亚主客场双双击败拜仁慕尼黑。
首回合比赛，拉科鲁尼亚客场3-2战胜拜仁慕尼黑，马凯上演帽子戏法。
次回合比赛，拉科鲁尼亚主场2-1战胜拜仁慕尼黑，维克托·桑切斯和马凯各进一球。
2002-03赛季欧冠联赛第二阶段小组赛，拉科鲁尼亚被淘汰，马凯在欧冠赛场上出场11次，打进9球。本赛季西甲联赛，马凯出场38次，打进29球，荣膺西甲金靴奖和欧洲金靴奖。
2003-04 欧洲冠军联赛
马凯转会拜仁慕尼黑后，拉科鲁尼亚继续在欧冠赛场上挺进，1/4决赛中，拉科鲁尼亚主客场双杀尤文图斯，当时尤文图斯拥有特雷泽盖、德尔皮耶罗、内德维德等球星。
1/4决赛，拉科鲁尼亚对阵AC米兰，首回合比赛，拉科鲁尼亚客场1-4不敌AC米兰，潘迪亚尼为拉科鲁尼亚攻入客场进球。
就在球迷普遍认为拉科鲁尼亚无望晋级时，两周后，超级拉科鲁尼亚震惊了整个足坛。第二轮比赛，拉科鲁尼亚上半场连进三球，潘迪亚尼、贝莱隆和卢克分别破门得分，下半场老将弗兰破门得分，最终比分定格在4-0。拉科鲁尼亚实现超级大逆转，挺进四强。
2003-04赛季欧冠，晋级半决赛的球队有拉科鲁尼亚、波尔图、摩纳哥和切尔西，半决赛中拉科鲁尼亚以0-1的总比分不敌穆里尼奥的波尔图，超级拉科鲁尼亚的神奇欧冠之旅就此结束。
拉科鲁尼亚足球俱乐部曾经非常强大，当时他们是欧洲最强的球队之一。
